Muitas configurações influenciam as extras, são elas:
Configuração de tolerâncias ao cadastrar Horários: https://www.primesw.com.br/kb/kb-ponto-eletronico/cadastros/tolerancia/
Extras em feriados: https://www.primesw.com.br/kb/kb-ponto-eletronico/extras/feriados-por-dia-base/
Cadastro de Extra: https://www.primesw.com.br/kb/kb-ponto-eletronico/onboarding/adicionar-hora-extra/